Los Mossos dieron un trato diferente a la Guardia Civil
Los Mossos mientras mantenían a raya a los agentes de la Policía Nacional, en cambio, hacían la vista gorda sobre otra operación de la Guardia Civil que se cruzaba con la de ellos y por la que nunca se quejaron al magistrado. Los guardias seguían de cerca a dos yihadistas que estaban en el punto de mira de los Mossos, a Chahmoud y Zamzami.
Resultaba curioso que la Guardia Civil entregara a otro juez de la Audiencia Nacional (diligencias previas 101/2014) un informe, fechado el 17 de diciembre, en el que aportaban pruebas fotográficas del seguimiento a los mismos objetivos de los Mossos y que éstos no protestaran, cuando dos semanas antes habían acusado a los investigadores del CNP de poner en riesgo la operación.
Mientras los Mossos seguían señalando a los colaboradores de la Policía, sometiéndolos a un riesgo extra, la Guardia Civil seguía con su causa abierta hasta el 10 de febrero de 2015 en el que el juez Andreu firmó un auto inhibiéndose a favor de la operación Caronte. La investigación de los Mossos había sido incoada con anterioridad, el 28 de julio de 2014, en el Juzgado Central de Instrucción número 1 de la Audiencia Nacional. En el primer escrito al juez de los Mossos sólo figuraban los nombres de cuatro islamistas de procedencia marroquí: Lamzami, Hazem, Brichi y Mouchouch. En ningún momento aparecían las identidades de los conversos españoles, entre quienes se encontraban los confidentes.
Los Mossos sí incorporaron a su causa una pieza de la Guardia Civil en la que los investigados Zanzami y Chahnout se reunían con otras personas a la salida de la mezquita de Tarrasa, en cambio rechazaron los avances de los agentes del CNP.